1997 yılı grup adına önemli gelişmelere sahne oldu. İstanbul dışındaki ilk konserini ODTÜ'de veren mor ve ötesi'nde ilk eleman değişikliği de bu yıl gerçekleşti ve Burak Güven, Alper Tekin'in yerine gruba dahil oldu. Şubat 1998'den itibaren Captain Hook'ta ilk düzenli bar programını yapan mor ve ötesi, bir yandan da yeni albümünü hazırlıyordu. Ada Müzik Stüdyosu'nda Volkan Gürkan'la beraber kaydedilen "Bırak Zaman Aksın"ın ardından Derin Esmer gruptan ayrılırken Kerem Özyeğen gruba katıldı. Albüm 1999 Mart ayında Ada Müzik tarafından yayınlandı.

1999 yılının Ağustos ayına gelindiğinde grup bir Bülent Ortaçgil bestesi olan "Sen Varsın" üzerinde çalışıyordu. Tam o günlerde benzersiz bir felaketle karşılaştı Türkiye. 17 Ağustos'tan sonra, herkes gibi, grup da bir süre kendine gelemedi.

2000 yılının başlarında mor ve ötesi ülke çapındaki nükleer karşıtı kampanyaya destek verdi. Bu destek hem konserlerle, hem de zamanın Cumhurbaşkanı'na canlı yayında yöneltilen bir soruyla sürdürüldü. Akkuyu'ya nükleer santral kurulması büyük bir toplumsal uzlaşma sonucu engellendi. 16 Haziran'daki H2000 müzik festivalindeki konser çok başarılı geçti, Temmuz ayında ise grubun "Sen Varsın"la katıldığı "Şarkılar Bir Oyundur" adlı Ortaçgil'e saygı albümü yayınlandı. Mor ve Ötesi üçüncü albümünün kayıtlarına girmeden önceki en önemli performansını 16 Aralık'ta Hilton Convention & Exhibition Center'da Placebo'nun ön grubu olarak gerçekleştirdi.

Üçüncü albüm "Gül Kendine"nin kayıtları, 27 Aralık günü Volkan Gürkan prodüktörlüğünde Ada Müzik Stüdyosu'nda başladı, ve albüm 2001 Aralık ayında piyasaya çıktı. Grubun resmi web sitesi www.morveotesi.com da aynı ay içerisinde faaliyete geçti.

2002 Nisan ayında mor ve ötesi ilk Türkiye turnesine çıktı. İzmir, Denizli, Bursa, Adana, Antalya ve Antakya'yı kapsayan bu turne, Fil Yapım'la başlayan uzun soluklu bir işbirliğini müjdeliyordu. 2 Temmuz 2002 akşamı H2000'de Mor ve Ötesi tarihinin en başarılı konserlerinden birini verdi. Çeşitli basın yayın organlarınca görsel ve işitsel bir şölen olarak nitelenen performansa yaklaşık 5000 kişi tanıklık etti.

2003 yılı dünyanın gördüğü en görkemli muhalefet dalgasıyla başladı. Yaklaşan Amerikan saldırganlığına karşı ses çıkaran milyonlara Mor ve Ötesi de sanatçı dostlarıyla birlikte katıldı. Grubun bestelediği ve Aylin Aslım, Athena, Bülent Ortaçgil, Feridun Düzağaç, Koray Candemir, Nejat Yavaşoğulları ve Vega ile birlikte seslendirilen "Savaşa Hiç Gerek Yok" adlı parça, savaş karşıtı hareketin marşlarından biri oldu ve 1 Mart 2003 günü Ankara'da 100.000 kişiyle birlikte söylendi.

2003 Mayısı'nda mor ve ötesi "Yaz" isimli bir single yayınladı. Bu single'da yer alan Şehrazat bestesi "Yaz Yaz Yaz" yaza damgasını vururken, grup Fanta Gençlik Festivali kapsamında 17 kenti kapsayan bir turne gerçekleştirdi. Sonbaharla birlikte dördüncü albüm çalışmalarına hız verilirken, grup bir yandan da Çağan Irmak'ın "Mustafa Hakkında Herşey" filminin müziklerini hazırladı.